Durante el gobierno provincial de Mansilla (1821-24), los vecinos próximos a los arroyos Villaguay y Bergara adquirieron un terreno para levantar una capilla, en torno a la cual se fue formando un poblado. En 1823 se fundó Santa Rosa de Villaguay, en 1835 se inauguró su capilla y en 1873 fue declarada ciudad.

El proceso colonizador comenzó en 1880 con gente de la región, pero en 1882 llegaron más de cien familias belgas que convirtieron el área en un centro agrícola e incorporaron sus costum bres y apellidos al Villaguay actual.

Destaca en la región la producción de trigo, maíz, lino, arroz y girasol, junto a plantaciones de olivares y la ex plotación de ganado vacuno. Existen molinos arroceros, silos y fábricas de productos lácteos y de alimentos balanceados, entre otras.