En 1744, durante la Campaña del Desierto, un malón atacó la zona de Luján. Por eso, un año más tarde, se instaló un fuerte a siete leguas de allí que se llamo Guardia de Luján. El objetivo del fuerte no fue sólo militar, sino también poblacional, ya que los soldados vivían en el fuerte, en lo que fue la primera defensa fija en la frontera de Buenos Aires.

En 1779, el Capitán Nicolás de la Quintana trasladó el fuerte al lugar donde hoy está el palacio municipal.

Y un año después fundó el pueblo, declarado partido en 1812. Recién dejó de llamarse Villa Mercedes en 1865, cuando el gobernador Mariano Saavedra aprovechó la inauguración de la estación de tren para denominarla Ciudad de Mercedes.