Os habitantes cedo eram o Omaguacas, Ocloyas e o Jujuyes. O Omaguacas seja as pessoas agrícolas mas eles também eram os tecedores e Artesãos. Os centros eram Tilcara e Humahuaca, havia, entre várias tribos, o Uquias, Purmamarcas, Tilcaras, Tumbayas, Tilianes, Yalas, Cuyes, Quilatas, Chilchas, Casavindos e perto de San Salvador o Argamatas. O Ocloyas, apesar de ser parente ao Omaguacas, fique situado no vale de Ocloyas, este grupo foi composto das tribos seguintes: o Quispiras, o Tactacas, o Tilcalaicos, o Estoybalos, o Panayas, o Opras e Tilicondes. Se aproxime a borda com Chaco, o Apanatas, o Amanatas, o Osas, o Gaipetes e o Paipayas viveram. As famílias do Jujuyes foram feitas as pazes através de vários grupos como o Chirimanos, Pelichicos, Palomos e Churumatas.

A penetração espanhola ofereceu uma resistência forte por parte das tribos nativas. Diego de que Almagro tentou invadir o território duas vezes. A primeira tentativa estava em 1536, muitos homens estavam perdidos assim ele foi compelido para retirar para o Chile. Sete anos depois, ele tentou novamente mas ele foi batido a de de Quebrada Humahuaca, a cabeça dele foi colocada no ponto de uma seta.

Os anos seguintes, havia dificuldades com os Aborígines. Em 1563, os conquistadores tiveram que abandonar a cidade do Nieva, se aproxime a San Salvador presente de Jujuy, o mesmo aconteceu em 1575 com a cidade de de de São Francisco Alava. Apesar das dificuldades, os conquistadores poderiam subjugar os índios. Foram construídos três fortes: o Hernan Gomez, o Grande, e o Palpala, entre o acesso do de de Quebrada Humahuaca e o vale que o espanhol chamado Xuxuy ou Jujuy. Em 1593 Francisco de Argarañaz y Murgia fundou San de de Salvador Velazco no vale de Jujuy, o capital presente da província.

Pelo século de XVII, Jujuy sofreu de algumas rebeliões do Calchaquies; porém, eles não tiveram sucesso, devido a sua situação estratégica, porque era uma ligação entre o de de Rio La Plata e Alto Peru. Este fator era notável quando os Exércitos do norte e o espanhol; o de de Quebrada Humahuaca era um dos protagonistas principais. Manuel Belgrano geral fez os homens dele lutar contra o espanhol assim os homens dele tiveram tempo para se retirar. A retirada deve estar completa assim os Realistas não teriam chance. Quando Pio Tristan entrou na cidade de San Salvador de Jujuy, a cidade estava vazia, as pessoas tinham deixado isto com o exército; isto é conhecido na história do país como o" Exílio das pessoas de Jujuy."